Первое, что изменится в Viva Pinata: Trouble in Paradise, — бесконфликтность оригинальной игры. Вернувшись на райский остров, мы видим, что профессор Пестер (главный злодей) со своей бандой злых пиньят стер отчеты с Главного Компьютера, что автоматически поставило под вопрос проведение всех вечеринок в городе. Наша цель тут ясна — постепенно восстановить базу данных, посылая пиньят с острова на вечеринки по всему миру. А также защищать питомцев от Пестера, который окончательно вошел в роль доктора Зло.