Jenseits von Gut und Böse с немецкого переводится как По ту сторону добра и зла. Название второй части неслучайно отсылает нас к книге Ницше, где он рассматривает силу, которая движет все сущее. Проект славится глубоким сюжетом, построенным на научно-фантастических основах. Он затрагивает различные культурологические аспекты, включая религиозные и философские воззрения. Для тех, кто пропустил первую часть игры, разработчики вставили ролики, повествующие о событиях Xenosaga. Персонажи Shion и KOS-MOS продолжают свою непримирую борьбу за магическое сверхоружие, которое способно уничтожить все в этом мире.