Поскольку игра является вводной главой составной истории, ее сюжет, в основном, знакомит игрока с основами. Действие происходит в удаленном будущем, когда люди уже колонизировали космос и создали межзвездную цивилизацию, а Земля оказалась покинутой. Ныне человечество сражается с расой загадочных и агрессивных существ, известных как Гнозис. Тем же временем враждующие фракции пытаются захватить контроль над загадочным артефактом, известным как Зохар. Это устройство, по слухам обладающее огромной силой. В ходе данного конфликта исследователь Шион Узуки находится на корабле, транспортирующем Эмулятор Зохара. Эмулятор работает подобно Зохару, но с куда меньшей мощью. Шион проводит тесты на боевом андроиде KOS-MOS, разработанном для уничтожения Гнозиса. В это время корабль подвергается нападению существ. Шион и напарник-исследователь Аллен Риджелли скрывается с помощью KOS-MOS и вскоре погружается в заговор галактического масштаба