Naruto Shippuden: Ultimate Ninja 4 - первая игра в серии, которая переходит в сюжетную линию Shippuden. Недавно добавленный режим Master Mode рассказывает оригинальную историю, которая происходит во время путешествия Наруто с Джирайей и сосредоточена вокруг демона по имени Черная Тень, который требует человеческих жертв от близлежащей деревни. После того, как эта проблема будет решена, режим продолжит обычную сюжетную арку Shippuden Казекаге. Режим Мастер включает в себя небольшой, но открытый игровой мир, который игрок может исследовать. Наруто может собирать предметы, сражаться с врагами и разговаривать с людьми, чтобы продвигаться вперед. Однако основное место в игре Ultimate Ninja по-прежнему занимают бои, которые были усовершенствованы и расширены в Ultimate Ninja 4. Когда два противника сталкиваются, они начинают серию высокоскоростных атак, появляясь в виде пары размытых пятен, мелькающих по сцене. Победитель определяется в игре, похожей на Камень, ножницы, бумага. Также добавлено Пробуждающее дзюцу - техника, более мощная, чем стандартное Ultimate Jutsu, и, как следует из названия, пробуждающая скрытые способности персонажа, которые можно использовать только при соблюдении определенных условий.