Согласно сюжету, божество, известное под именем «Дэус Экс Макина» и повелевающее пространством и временем, доживает свои последние дни. А так как мир не может существовать без своего бога, он погибнет вместе с Дэусом. По этой причине Дэус устраивает игру на выживание. Последний выживший игрок займет его место. При этом дневник каждого из двенадцати игроков превращается в «Дневник будущего» (яп. 未来日記 Мирай Никки). Каждый такой дневник содержит записи, выглядящие так, как будто их написал сам владелец, но относящиеся к будущему. Например, если ранее игрок описывал в своем дневнике побеги, дневник будет предсказывать его будущие побеги от опасности. Однако, если дневник игрока пострадает, будущее игрока исчезнет, а от самого игрока не останется даже трупа.

История вращается вокруг первого и второго игроков, Юкитэру Амано и влюблённой в него Юно Гасай. Юкитэру нелюдим и имеет только двух воображаемых друзей — Дэуса и его помощницу, Мурумуру. Его дневник описывает всё, что происходит вокруг Юкитэру, и таким образом является наиболее информативным среди остальных. Вместе с тем сам Юкитэру слаб и не может противостоять своим противникам самостоятельно. Поэтому его телохранителем становится Юно, чей дневник описывает всё происходящее с её возлюбленным. Так или иначе, сюжет затрагивает три альтернативные реальности, созданные путешествиями во времени. Однако события разворачиваются в основном во втором мире.