Рік 2183. vолода, впізнавана секрет подорожей із надсвітовою швидкістю, заснувала поселення в десятках сонячних систем і не збирається зупинятися на досягнутому, маючи намір дедалі далі розширювати межі власних володінь. Втім, люди опинилися далеко не єдиною високорозвитою цивілізацією на мільйони світлових років навколо. Волей-неволів їм доводиться уживатися з іншими расами та слухати думку впливової Ради Цитаделі.

На боці останнього виступають так звані Спекри — елітні спецагенти, наділені величезними керівниками. Діючи за призначенням Ради, Спектри вільні користуватися будь-якими засобами, і ніхто не має права їм заважати. Багато хто вважав Спектрів лицарями без страху та картати — доти, поки один із них, Сарен, не розв'язав війну, щоб захопити владу над світом. І зупинити лиходія зможе тільки одна людина...

Як відважний капітан Шепарда гравець впорається борознити простори космосу на борту корабля-прототипу "Нормандія", боячись відшукати невловного Сарена та врятувати цивілізація від неминучої катастрофи. Герой має побувати в багатьох світах, проникнути на занедбані дослідницькі станції та дізнатися чимало нового про минуле нашої галактики. На шляху до мети Шепарда чекає чимало ворогів, але й союзники завжди готові протягнути капітану руку допомоги!