Дія гри розгортається в Японії в стилістиці альтернативного майбутнього, приправленого елементами фентазі.
Минув два місяці після подій попередньої частини гри, коли Анжела Аваллон відкрила в регіоні Канто Японії ворота в інше вимірювання, збираючись використовувати це з собою, але зазнала поразки. Була створена організація "Дрекслер", члени якої під час війни були насадження темних мистецтв у Європі, і метою якої стало поширення свого впливу в усьому світі. Японське відділення "Дрекслер" було знищене європейським бюро "Свячений Дух", іншої організації, яка завждиндужить темним силою і свого часу розгромила їх у Європі — після чого "Свячений Дух" відкрила на цьому місці власну відділення під назвою "Розенберг". Однак відразу ж після цього по всій Японії почали з'являтися просторові розломи та пішли чутки, що за цим стоїть "Розенберг" і "Дрекслер", які то виживали, чи то взагалі не булигублені у свій час...
Японське відділення "Свяченого Пана" посилає своїх Святих Дев, Валькірій, щоб розпитати, у чому ж річ — й однією з них є Вейс, головна героїня гри.