Дія F.E.A.R.2: Project Origin також розгортається у світі, повному паранормальних явищ, у якому сильні перестрілки перемішуються з абсолютно незрозумілими явищами, від яких легко мутніє навіть найтонший посуд. Гра починається недовго до закінчення подій оригінальною FEAR. Відрядження спеціального призначення спрямовується в місто Auburn. Точніше, у ті уламки, які залишилися на його місці. Мегаполіс був зруйнований паранормальним вибухом неймовірної сили. Заряд обличчям до обличчя стикається з противником, що багаторазово перевершує його числом. Солдати мають не просто вижити у будь-що те саме й знайти спосіб зупинити Альму та ті потубічні сили, які прагнуть знищити все живе. Часу залишається все менше. Потрібно поспішати, інакше світ назавжди зануриться в абсолютний морок...