Головний герой гри — Рекс, підліток, який, як і майже всі живі істоти на планеті, заражений нанитками — мікроістеями, що перетворюють свого господаря монстра. Ці чудовиська називають E.V.O (Exponentially Variegated Organisms — Експоненційно змішані організми). Однак хлопчик наділений рідкісною здатністю керувати нанитами, що робить його незамінним помічником організації Providence, провідної боротьби зі злими мутантами E.V.O. Разом із Рексом юним гравцям належить дати відсіч лиходію Ван Клейсу та його Поплічникам, що відібралися знищити Землю.