У грі буде розповідатися історія багатьох персонажів. Ви дізнаєтеся про те, ким були члени Акацуки до входу в організацію. Ми дізнаємося більше про Шисуї Вчиха (який тепер стане грабельним). Тепер доступно понад 100 гральних персонажів, з яких: Воскований райкаге, вставлений цучикаге, випрошений мізукаге та воскресне кадзегаге, четвірку звуку, Кенкаку та Генкаку, Обіто (джингурики десятихвостого), а також за багатьох інших. З нововведень: новий персонаж — Меха Наруто, і нова система змагань — Турнір, де ви маєте битися два на два та заробляти окуляри. До всього цього тепер доступна можливість комбінувати свої джутси з одним або двома персонажами, які перебувають у підтримці (це можливо не з усіма персонажами).