«Мадагаскар: Операція Пінгвін» — це продовження гри «Мадагаскар», у якому головними героями виступають пінгвіни фільму. Ваша мета — допомогти тваринам втекти з зоопарку Центрального парку в Нью-Йорку через підземні тунелі. У ролі рядового пінгвіна ви використовуєте кумедну зброю для атаки та подорожей світом. Після проходження рівня відкривається частина тунелю, якою пінгвіни можуть пройти.

Гра являє собою платформер із бічним прокручуванням, переважно орієнтований на дітей. Крім освоєння нових здібностей за допомогою предметів, ваша мета — збирати предмети на кожному рівні.