Влітку 1936 року в Іспанії спалахнула громадянська війна. Під час цього конфлікту Німеччина підтримувала націоналістів, таємно постачаючи їм зброю. Між осінню 1936 року та весною 1937 року п'ять літаків Hs 123A було відправлено до Іспанії для бойових випробувань та призначено до експериментального підрозділу VJ/88. Цей підрозділ був частиною німецького легіону «Кондор», який використовував кілька типів літаків.

Хоча офіційно літаки Hs 123A класифікувалися як винищувачі, вони переважно використовувалися для наземних штурмів. Їхня перша бойова операція відбулася під час боїв за Малагу. Як літаки безпосередньої авіаційної підтримки, Hs 123 чудово показали себе, продемонструвавши високу живучість та здатність діяти з коротких, непідготовлених злітно-посадкових смуг. Вони також продемонстрували видатний баланс швидкості та маневреності — у разі пошкодження Hs 123 міг уникнути ворожих винищувачів, круто пікіруючи.

З п'яти розгорнутих літаків три були втрачені в бою, а решта два пізніше були передані до ВПС націоналістів. У 1939 році Іспанія замовила ще дванадцять літаків Hs 123, які залишалися на озброєнні до 1949 року.