Місцем дії гри є Радянський Союз часів Холодної війни. Головний герой — Нейкед Снейк, пізніше відомий як Біг Бос, оперативник загону FOX, якому було призначено звільнити радянського вченого та знищити експериментальне суперзброєння. На відміну від попередніх ігор, де основним місцем дії були переважно будівлі та споруди, дія Snake Eater розгортається в лісі. Хоча сетинг і змінився, ключовим елементом гри, як і раніше, є непомітне проникнення на ворожу територію, також у грі знову трапляється поводження героїв безпосередньо до гравця. Показання історії гри Snake Eater ведеться через внутрішньоігрові сцени та радіопереговори.