Війна клонів у розпалі! На знак доброї волі щодо Республіки кримінальний авторитет Хат Джабба погоджується поділитися з джедаями інформацією про контрабандистів-сепаратиста, що діють на його території. Слухи про війну поширюються з неймовірною швидкістю, й Обі-Ван Кенобі вирушає на Набу, щоб обговорити тривожні новини зАСара Паді Паділою. Водночас Енакін Скайвокер і його падаван Асока Тано методично знищують залишки армії дроїдів на недавно звільненій планеті Рилот.

Вибравши свого героя — джедая чи солдата-клона, гравець стане учасником абсолютно нової історії у всесвіті «Зоряних воєн», події якої розгортаються в декораціях мультсеріалу та є сполучною ланкою між першим і другим сезонами.