Prince of Persia: The Two Thrones — це тривимірний пригодниковий платформер із великою кількістю супротивників і головоломок, що продовжує сюжет попередніх двох ігор. Принц із Кайліною повертаються в Вавилон, але після прибуття на батьківщину їхній корабель опиняється. Кайліну захоплюють у полон і пізніше вбивають.