Ghost Recon Advanced Warfighter 2 позволит игроку оказаться в составе элитного подразделения Ghosts. В 2012 году конфликт между мексиканскими блюстителями порядка и повстанцами достиг размеров полномасштабной гражданской войны. Отряд «призраков» под командованием капитана Скота Митчелла отправляется в самое сердце вооруженного конфликта для того, чтобы ликвидировать потенциальную угрозу для Соединенных Штатов. Судьба двух стран теперь находится в руках настоящих специалистов, которые должны предотвратить возможность перехода войны на территорию США. Понятно, что в столь напряженный момент «призракам» будут помогать новейшие технологические достижения военной оборонной промышленности США