2099 року вчений компанії Алхімакс Вальтер Слоун, прагнучи отримати владу та багатство, подорожує в часі в наші дні, щоб, використовуючи свої знання технологій майбутнього, заснувати Алхімакс набагато раніше за свій час. Це відбувається через майбутнє 2099, у якому панує антиутопія й Алхімакс тримає світ у «залізному кулаку». Міхай О'Хара/Людина-павук 2099 дізнається про план Слоуна, виявляється, зміни торкнулися не тільки майбутнє, а й минуле, що призвело до загибелі Пітера Паркера/Чоловека-павука від руки Анти-Венінома. Мігель вирушає в минуле, щоб попередити Пітера, і тепер обидва павуки мають діяти спільно, щоб не тільки врятувати майбутнє, а й життя Пітера Паркера.