В лекарственных целях заготавливают корни растения. Действующим веществом в них считается Эфирное масло (выход до 0,2%), в котором основной активный компонент представлен кетоном ироном. Корневища убирают на сырье осенью на третий год после посадки. Их промывают в воде, очищают от боковых корней, надземных частей и коры. Очищенное сырье снова моют, после чего сушат под железной крышей или в сушилках. Верхнюю, наиболее молодую часть корневищ можно использовать в качестве посадочного материала. 

В народной медицине в виде настоя ирис употребляют от водянки, зубной боли и наружно — для полосканий рта при цинге. 

Под названием «фиалкового корня» корневища ириса входят в состав грудного чая. 

В гомеопатии ирис употребляют в основном для лечения воспалений поджелудочной и слюнных желез, а также при вегетативных неврозах, бронхитах, пневмонии, головной боли, желудочных коликах.

Листья измельчить и заварить кипятком, прикладывать в виде припарок на затвердевшие участки кожи рук, ног, на мозоли для их удаления. Время процедуры 3 часа, повторить 2–3 раза.

при водянке, зубной боли
Наружно применяют настой для полосканий полости рта при цинге

10—15 грамм измельченной травы залить 1 стаканом кипятка, настоять до остывания, процедить. Принимать по 1 столовой ложке 5—6 раз в день.