«Мадагаскар: Операция Пингвин» — это продолжение игры «Мадагаскар», в котором главными героями выступают пингвины фильма. Ваша цель — помочь животным сбежать из зоопарка Центрального парка в Нью-Йорке через подземные туннели. В роли рядового пингвина вы используете забавное оружие для атаки и путешествий по миру. После прохождения уровня открывается часть туннеля, по которому пингвины могут пройти.

Игра представляет собой платформер с боковой прокруткой, в основном ориентированный на детей. Помимо освоения новых способностей с помощью предметов, ваша цель — собирать предметы на каждом уровне.