Наступною модифікацією став «Еміль» (Emil) - Messerschmitt Bf 109E. Це була, по суті, перша по-справжньому масова модель літака. Віннищувач оснащений новим двигуном Daimler-Benz DB 601 із системою повторного вприскування палива та гідромуфтою в приводі нагнітувача. Але найголовнішим було те, що цей двигун виявився надійніше свого попередника. На «Еміль» встановлювався трилопатевими гвинт VDM змінного кроку. Літак отримав приймально-передавальну радіостанцію FuG 7, німецький винищувач не мав ніякого захисту пілота, а його бензобак залишався незахищеним, що, безсумнівно, знижувало живучість машини. Перші машини нової модифікації прийшли до війська на початку 1939 року.