Сушеные листья чабера являются классической пряностью для всех блюд из бобовых. Особой популярностью чабер пользуется при приготовлении блюд из зеленой и белой фасоли. Используется также для приготовления грибов (за исключением шампиньонов), мясных и картофельных салатов, вареной и жареной рыбы, рыбных супов, бифштексов и котлет, рагу из мяса, маринованных в уксусе овощей, цветной и квашеной капусте, блюд из сыра, гренок и соленого печенья.

В Азербайджане на основе чабера приготовляют бодрящий напиток, куда еще входят тысячелистник и чабрец. Напиток обладает лекарственными свойствами, оказывает кровоостанавливающее действие. В Болгарии это растение (болг. чубрица) является популярной приправой для блюд из овощей, мяса и рыбы, входит в рецептуру «болгарского кетчупа». С давних времëн применяется как приправа в молдавской кухне, где носит название чимбру. Активно используется в армянской и узбекской кухне, где соответственно носит названия цитрон и джамбуль. Во многих национальных кухнях широко применяется для засолки и маринования овощей.

В медицине используют в составе травяных сборов от метеоризма, диареи, при спазмах желудка и кишечника. Сок чабера успокаивает боль от пчелиных укусов и уменьшает отек. Заварка душистого растения снижает боли и снимает спазмы желудка и кишечника. Рекомендуется при заболевании почек, печени, желчного пузыря, а также при диабете. Чабер - хорошее закрепляющее, противоглистное и потогонное средство. Обладая сильными бактерицидными свойствами, дезинфицирует пищу.

Некоторые современные повара считают, что от длительной тепловой обработки аромат чабера ослабевает, и его лучше добавлять за 1-2 минуты до готовности.