З листопада 1939 року випускалися літаки He 111H-3 з двигунами рідинного охолодження Jumo 211D-1 підвищеної потужності і більш потужним озброєнням.
На початку 1940 року було виготовлено 504 бомбардувальника He 111H-3. Деякі були доставлені румунським ВПС.