Насіння чорного кмину застосовуються в різних рецептурах стародавніх шкіл натуральної медицини.
Насіння чорного кмину мелють і змішують з медом, нагрівають і прикладають до хворих місць, використовують при акупунктурі і точковому масажі, просто жують, лікуючи багато хвороби, заварюють як лікувальний чай.

Чорний кмин застосовується при захворюваннях нервової системи, при виразках, глистах, порушеннях менструального циклу, дисфункції печінки і нирок, очних, серцевих, шлункових хворобах і хворобах дихальних шляхів (бронхіти, астма, застуди), головних і зубних болях, при нудоті, блювоті і багатьох інших недугах.

Арабські лікарі рекомендували для поліпшення пам'яті з'їдати три грами мелених насіння Калінджі, змішаних з 10 грамами меду. Відвар насіння (або мелений порошок) чорного кмину дають пити з медом і гарячою водою для швидкого виведення каменів у сечовому міхурі та нирках.
У поєднанні з содою порошок калінджі дають при утрудненому сечовипусканні.