Під час місії по знешкодженню тхора на Сакуру, Сикамару і Наруто нападають невідомі ніндзя. Наруто, розлучена зі своєю групою, дізнається про силу, яка не має нічого спільного з Чакрою, і про давню зниклої цивілізації. Після возз'єднання зі своїми товаришами, Наруто змушений розпочати боротьбу за спасіння всього світу.