Згідно з сюжетом, божество, відоме під ім'ям «Деус Екс Макіна» і керує простором і часом, доживає свої останні дні. А оскільки світ не може існувати без свого бога, він згине разом із Деусом. Тому Деус влаштовує гру на виживання. Останній гравець, що вижив, займе його місце. Водночас щоденник кожного з дванадцяти гравців перетворюється на «Днівник майбутнього» (яп. 未来日記 Мірай Ніки). Кожен такий щоденник містить записи, які виглядають так, ніби їх написав сам власник, але стосуються майбутнього. Наприклад, якщо раніше гравець описував у своєму щоденнику втечі, щоденник буде передбачати його майбутні втечі від небезпеки. Однак, якщо щоденник гравця постраждає, майбутнє гравця зникне, а від самого гравця не залишиться навіть трупа.

Історія обертається навколо першого та другого гравців, Юкітера Амано та закоханої в нього Юно Гасай. Юкітеру нелюдим і має тільки двох уявних друзів — Деуса та його помічницю, Мурумуру. Його щоденник описує все, що відбувається навколо Юкітера, і в такий спосіб є найбільш інформативним серед інших. Водночас сам Юкітера слаб і не може протистояти своїм противникам самостійно. Тому його охоронником стає Юно, чий щоденник описує все, що відбувається з її коханим. Так чи інакше, сюжет зачіпає три альтернативні реальності, створені подорожами в часі. Однак події розгортаються переважно у другому світі.