Наступною модифікацією став «Еміль» (Emil) - Messerschmitt Bf 109E. Це була, по суті, перша по-справжньому масова модель літака. Винищувач був обладнань новим двигуном Daimler-Benz DB 601 з системою безпосереднього вприскування палива і гідромуфтою в приводі нагнітача. Але найголовнішим було те, що цей двигун виявився набагато надійніше свого попередника. На «Еміль» встановлювався трилопатевими гвинт VDM змінного кроку. Літак отримав приймально-передавальну радіостанцію FuG 7, німецький винищувач не мав ніякого захисту пілота, а його бензобак залишався непротектірованним, що, безсумнівно, знижувало живучість машини.

Bf 109Е-4 - випускався в 1940 році модифікація винищувача бомбардувальника з двигуном ДВ-601N (1200 к. с.). Озброєння складалося з двох 7,92-мм кулеметів і двох 20-мм гармат. Також застосовувалось броньвання кабіни та бокових панелей кабіни.