У червні 1940 р. з конвеєрів почала сходити нова модифікація, "Спітфайр" II. Основною відмінністю від "одиничок" останніх серій був двигун "Мерлін" XII потужністю 1175 к.с. Він працював не на 87-октановому бензині, а 100-октановому. В результаті, на висотах до 5000 м машина отримала солідну надбавку у швидкості - до 40-55 км/год. Зовні "Спітфайр" II відрізнявся від свого попередника лише невеликим краплеподібним виступом на правій стороні капота. Під ним був захований піростартер "Коффман", який забезпечував швидкий та надійний запуск двигуна. З самого початку на цій модифікації передбачили протектування бензобаків і майже всі серії мали бронескло в козирку кабіни.