З травня 1941 року випускалися літаки He 111H-6 з двигунами рідинного охолодження Jumo 211F-2 підвищеної потужності, з дерев'яними гвинтами ширшої хорди VS 11 і потужнішим озброєнням. Цей варіант міг нести бомби по 1800 кг або дві торпеди LT F5b зовні.

He 111H-6 був найбільш виробленим варіантом середнього бомбардувальника Heinkel. До кінця 1942 року було випущено приблизно 1800 літаків. He 111H-6 використовувалися на всіх фронтах (включно з Північною Африкою) як бомбардувальники, торпедоносці, літаки-розвідники, транспортники та мінні загородники.