З грудня 1942 року випускалися літаки He 111H-16 з двигунами рідкого охолодження Jumo 211F-2 підвищеної потужності, з дерев’яними більшими гвинтами VS 11 і більш потужним озброєнням. Цей варіант може нести до 3000 кг бомби в середині та зовні.
Удосконалена стандартизована модифікація Heinkel 111H-20 випускалася в 1943-1944 роках.