З грудня 1942 року випускалися літаки He 111H-16 з двигунами рідинного охолодження Jumo 211F-2 підвищеної потужності, з дерев’яними ширшими гвинтами VS 11 і більш потужним озброєнням. Цей варіант міг нести до 3000 кг бомб всередині та зовні. 

He 111H-16 був останнім серійним варіантом середнього бомбардувальника Heinkel. До кінця 1943 року було виготовлено приблизно 1155 літаків. 111H-16 використовувалися на всіх фронтах як нічні бомбардувальники, транспортники та буксири-планери.