Су-9У — двомісний навчальний варіант (Maiden за класифікацією НАТО), збудовано 50 літаків. Мав повний комплект озброєння та РЛС з індикаторами в обох кабінах, що дозволяло курсантам практикуватися у всіх аспектах управління літаком, проте друга кабіна змусила урізати і так невеликий запас палива, що зробило літак практично незастосовним у бою.