Наступною модифікацією став "Еміль" (Emil) - Messerschmitt Bf 109E. Це була по суті перша по-справжньому масова модель літака. Винищувач був оснащений новим двигуном Daimler-Benz DB 601 із системою безпосереднього упорскування палива та гідромуфтою у приводі нагнітача. Але найголовнішим було те, що цей двигун виявився набагато надійнішим за свого попередника. На «Емілях» встановлювався трилопатевий гвинт VDM кроку, що змінюється. Літак отримав приймально-передавальну радіостанцію FuG 7, німецький винищувач у відсутності ніякого захисту пілота, яке бензобак залишався непротектированным, що, безсумнівно, знижувало живучість машины[15]. Перші машини нової модифікації надійшли до військ на початку 1939 року. В основному «Емілі» були озброєні двома 7,92 мм кулеметами, змонтованими в корпусі, і двома 7,92 мм кулеметами, розташованими в консолях крила