Наступною модифікацією став «Еміль» (Emil) - Messerschmitt Bf 109E. Це була, по суті, перша по-справжньому масова модель літака. Винищувач був оснащений новим двигуном Daimler-Benz DB 601 з системою безпосереднього вприскування палива і гідромуфтою в приводі нагнітача. Але найголовнішим було те, що цей двигун виявився набагато надійніше свого попередника. На «Еміль» встановлювався трилопатевими гвинт VDM змінного кроку. Літак отримав приймально-передавальну радіостанцію FuG 7, німецький винищувач не мав ніякого захисту пілота, а його бензобак залишався непротектірованним, що, безсумнівно, знижувало живучість машини. Перші машини нової модифікації надійшли у війська на початку 1939 року. В основному «Емілі» були озброєні двома 7,92-мм кулеметами, змонтованими в корпусі, і двома 7,92-мм кулеметами, розташованими в консолях крила. В кінці 1939 року розпочали виробляти Е-3. Спочатку Е-3 отримали мотор-гармату, але проблеми з перегрівом змушували її знімати в частинах відразу після отримання. На пізніх Е-3 крильові кулемети замінювали на гармати MG FF з боєкомплектом 20 снарядів на гармату.